約50万平方メートルもの緑豊かな広大な神域に、檜皮葺き（ひわだぶき＝檜の樹皮を屋根に使ったもの）で素木（しらき）造りの荘厳な本殿と神楽殿が建っています。境内には県下でも有数の野鳥の飛来地として知られる「深田池」などがあり、周囲には遊歩道が整備されていて、池の畔をゆっくり散策することもできます。

藤原京の中心施設である藤原宮の跡地には、25,000㎡に菜の花が咲き誇る「春ゾーン」、7,000㎡に渡ってキバナコスモスがオレンジに彩る「夏ゾーン」、30,000㎡に7種類300万本のコスモスが色を付ける「秋ゾーン」、11種類の蓮を楽しめる「蓮ゾーン」、様々な季節の花々が入り乱れて咲く「朝堂院東ゾーン」の5つのゾーンに分かれて花園が整備され、一年を通して美しい景観が楽しめるスポットです。